В продължението на „Мадагаскар”, симпатичните животинчета от зоологическта градина в Сентрал Парк - Алекс, Марни, Мелмън и Глория все още се намират на далечния остров. В един момент решават, че е крайно време да се върнат в къщи.

Но нещо пак се обърква и те се озовават в африканската пустош. Там лъвчето се запознава със своето семейство, но общуването никак не е лесно. Животът в нюйоркския зоопарк все пак доста се различава от от този в Африка.